เรื่อง เวิลด์ ทริกเกอร์ (ภาค2) ในเมือง มิคาโดะ ที่มีคนอาศัยอยู่ 28,000 คน ประตูคนละมิติหรือ “เกท” ได้ถูกเปิด และสิ่งที่มีชีวิตที่ถูกเรียกว่า “เนเบอร์” ได้ปรากฏตัวออกมาจากเกท ทั่วเมืองตกอยู่ในความหวาดหวั่นเพราะไม่มีอะไรใดๆ ในโลกที่จะทำลายกับพวกมันได้ แต่ก็มีคนบางกลุ่มที่เป็นบุคคลไม่เคยเห็นได้เข้าต่อสู้กับเหล่าเนเบอร์ คือ กองทัพป้องกันโลกหรือ “บอเดอร์” ซึ่งได้พัฒนาเทคโนโลยีที่ใช้ปกป้อง เนเบอร์ และได้สร้างทัพขึ้นเพื่อต่อสู้กับ เนเบอร์ ในอีก 4 ปีต่อมาหลัง